1、蔷薇园
蔷薇园位于重庆市南山植物园中心区，是在原南山公园白兰园的基础上修建的，占地176亩。每年3-5月，蔷薇园内桃红若霞。樱花大道、樱花广场、海棠烟雨、桃花区等景点“人如海，花如潮”，蔚为壮观。施光南音乐广场有精彩的表演
2、梅园
梅园位于蔷薇园东南角，共收集了全国近80个品种的梅花，共分三大区：梅花区、森林游憩区和众芳苑，占地70余亩。还设有经梅赞、岁寒三友、竹亭长廊等景点。
3、梅桂园
梅桂园位于中心游览区内，紧临蔷薇园，面积220亩，园内林木苍翠，环境优雅，分赏花区和登高区两部分。原法国使馆、苏联使馆等改建成的招待所5处。登高区山势陡峭，海拔近700米。
4、山茶园
山茶园属典型的山地园林，自然野趣，富有重庆特色。山茶园东邻兰园，西接金鹰园，占地105亩。园内栽培川茶、滇茶、福建茶以及西洋茶170多个品种，两万余株，其中百年以上的古茶花千余株，尤其是“古茶苑”内几株树龄400年以上的古茶，至今古干虬枝，繁花满树。
5、温室展览馆
重庆市南山植物园展览温室建筑面积近8000平方米，投资1.4亿元，主要作用是观赏世界各地奇特植物和科普教育。神秘的热带雨林，圣洁的亚高山植物，绚丽的四季花园美景、浪漫的沙漠奇观，各种景观可以说是目不暇接。
6、大金鹰园
大金鹰园环抱山头一座，海拔600余米，占地200余亩，紧临山茶园，是南山植物园主要景点之一，也是《鸟瞰新重庆》的第一个景点，又是重庆市的标志性建筑之一。
7、世界濒危植物纪念园
世界濒危植物纪念园展出了42种世界珍稀濒危植物，并建设了世界灭绝珍稀濒危植物公墓。同时，引入保护的植物包括秤锤树、南方红豆杉、篦子三尖杉、红豆杉、宜昌橙、香果树、连香树、闽楠等。
8、兰园
兰园位于植物园中心区，占地面积30余亩，是在原南山公园兰草园基础上改建、扩建而成。园内收集、培植、展示兰科植物3000余盆，有春兰、墨兰、剑兰、虎头兰、大花蕙兰等20多个品种。
9、盆景园
盆景园位于重庆南山植物园中心区，是南山植物园十六个专类园之一，它由两座人行天桥分别将其与蔷薇园、兰园连为一体。盆景园占地48亩，是收集、制作、保存和展示重庆盆景精品的盆景专类观赏园。
